Храм был заложен 21 января (2 февраля) 1885 года. Проект храма составил Д. А. Гримм. Руководил строительством архимандрит Антонин.

На сооружение храма император внёс 100 тысяч рублей, его четыре брата — по 15 тысяч; великая княжна Мария Александровна — 5 тысяч рублей.

Освящение храма Патриархом состоялось 1 (13) октября 1888 года в присутствии великих князей Сергея и Павла Александровичей и великой княгини Елизаветы Фёдоровны.[2]

В январе 1921 года в церкви было погребено, доставленное из России, тело мученически погибшей княгини Елизаветы Фёдоровны и её келейницы Варвары. Погребение совершал Иерусалимский Патриарх Дамиан.[3]

В 1934 году в Вифании была основана община во имя Воскресения Христова в юрисдикции Русской православной церкви заграницей. При общине была организована школа для православных детей арабов, существующая и в настоящее время.

По случаю столетия освящения церкви Святой Марии Магдалины в 1988 году Гефсиманская община была возведена в ранг монастыря.